Man nimmt an, dass die ersten alemannischen Siedler von Süden oder Südosten über die Pässe kamen. Ihnen fiel daher die Verengung des Tals nördlich des heutigen Dorfs auf. Noch heute trägt dort ein begrenztes Gebiet den Flurnamen «i dr Ängi». Dieser Name wurde dann auf das Dorf übertragen. Er taucht erstmals um 1350 in einer Urkunde auf, welche die Abgaben auflistet, die zahlreiche Glarner Höfe dem Kloster Säckigen zu leisten hatten. Dort heisst es unter anderem «ab enen furen ze engi 1 schaf».

1408 kaufte die Gemeinde die «Gandalp», ein Gebiet auf dem linken Sernfufer, vom Land Glarus und bestimmte es zur Allmende der «Tagwenleute». Damals ging man von der Schafhaltung zur Grossviehzucht mit Alpsömmerung über. Daneben baute man noch lange für den Eigenbedarf Getreide an, vor allem Gerste.

Schon im 13. Jahrhundert war im Nachbardorf Matt erst eine Kapelle, dann eine Kirche errichtet worden, die 1273 geweiht wurde. Engi bildet seit dieser Zeit mit Matt eine Kirchgemeinde. 1528 wurde die Reformation eingeführt. Die Altarbilder sollen zerschlagen und in den Sernf geworfen worden sein.

1565 wird der Schieferabbau in Engi zum erstenmal urkundlich erwähnt. Damals wurde von der Glarner Obrigkeit nämlich beschlossen, dass nur Einheimische, aber keine Fremden nach Schieferplatten graben durften. Bis dahin konnte jeder auf eigenes Risiko seinen Schieferbruch betreiben. Der Schieferabbau nahm im 17. Jahrhundert stark zu. Um 1700 war der auf der linken Seite des Sernfs südlich von Engi gelegene «Plattenberg» bereits zu einer gewissen Berühmtheit gelangt. Der bedeutende Zürcher Naturwissenschaftler Johann Jakob Scheuchzer besuchte ihn 1705 mit Studenten und Freunden. Ihm ging es vor allem um die zahlreichen Fischversteinerungen, die beim Abbau immer wieder gefunden wurden. Scheuchzer wies die Plattenarbeiter an, ihm alle Versteinerungen, gegen Bezahlung, nach Zürich zu schicken. Von dort gelangten sie, dank den ausgedehnten wissenschaftlichen Beziehungen Scheuchzers, in zahlreiche in- und ausländische Naturalienkabinette. Noch heute befinden sich in der naturhistorischen Museen vieler europäischer Länder Schieferversteinerungen aus Engi.

Im 18. Jahrhundert ging der Schieferabbau zurück, da er wegen den ungünstigen Transportbedingungen nicht mehr konkurrenzfähig war. Sämtliche Platten mussten von Menschen oder Saumtieren aus dem Tal nach Schwanden getragen werden.

Starkes Bevölkerungswachstum, der Durchzug der Armee General Suworows mit etwa 20'000 Mann im Oktober 1799, sich häufende Naturkatastrophen und Mangel an nicht landwirtschaftlichen Verdienstmöglichkeiten führten Engi in eine schwere wirtschaftliche Krise, von der sich das Dorf erst im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts zu erholen begann. Die Kartoffelkrankheit und Absatzschwierigkeiten in der Handweberei liessen ab 1845 viele Dorfbewohner nach Nord- und Südamerika auswandern.

Immerhin war 1826 eine erste, freilich mangelhafte Strasse ins Sernftal gebaut worden. Der Schieferabbau nahm daraufhin sofort einen Aufschwung und wurde 1833 vom Land Glarus übernommen. Seit damals hiess das Schieferbergwerk «Landesplattenberg». Die evangelische Hilfsgesellschaft des Kantons Glarus richtete 1847 im «Hinterdorf» eine Buntweberei ein, um den Leuten Verdienst zu schaffen. 1855 wurde die verbesserte Sernftalstrasse dem Verkehr übergeben. 1864 gründete der einheimische Leonhard Blumer die «Weberei Sernftal» am Ausgang des Mühlebachtals. Die heutige Weseta Textil AG überstand alle Krisen und überlebt dank Rationalisierung und der Herstellung eines Nischenprodukts. Leonhard Blumer machte sich auch stark für den Bau einer elektrischen Strassenbahn, deren Inbetriebnahme er 1905 noch erlebte. 1969 wurde sie durch einen Busbetrieb ersetzt.